V letech 1510 - 1517 proběhla výrazná pozdně gotická přestavba kostela, kdy dostal mj. novou klenbu. V interiéru kostela visel obraz svatého Tomáše, kterému byla dávána zázračná moc, kvůli které byl u věřících ve značné úctě. Díky tomu ke kostelu směřovaly pravidelné poutě a procesí věřících. V roce 1786 byl kostel v rámci josefinských reforem uzavřen a začal chátrat. V roce 1874 byl kostel obnoven a znovu vysvěcen.

Kostel Božího těla na podzim

Další ránu kostel utrpěl po 2. světové válce, při zřizování hraničního pásma, kdy sloužil jako vojenské skladiště a skladiště sena. V roce 1991 byla díky pomoci bývalých německých obyvatel zahájená oprava tehdy téměř rozpadlého kostela, kterému již hrozilo zřícení. V roce 1997 byl kostel znovu vysvěcen a od té doby se v něm jednou za měsíc (poslední neděle v měsíci) konají bohoslužby.

Na severní straně chóru se nachází nástěnná malba z prvního gotického slohu ze 14. století, která byla objevena teprve před několika lety. Malba zobrazuje Pannu Marii s Ježíškem a Tři krále.